Berbagai penyakit gastrointestinal (organ pencernaan) dapat menyebabkan mulut berbau tidak sedap. Sebuah penelitian yang dilakukan pada tahun 2010 terhadap 94 pasien bau mulut menemukan bahwa 54 orang di antaranya memiliki masalah pencernaan. Kelainan yang ditemukan antara lain adalah Divertikula Zenker, Gastro-Esophageal Reflux Disease (GERD), serta ulserasi pada lambung dan usus.
Divertikula Zenker umumnya muncul pada pasien berusia 30 sampai 50 tahun. Kelainan ini disebabkan karena perubahan tekanan pada area sekitar kerongkongan dan faring. Penderitanya mengalami iritasi pada tenggorokan dan kesulitan menelan, sehingga makanan yang sudah tertelan dapat keluar kembali melalui rongga mulut. Gejala ringan dapat diatasi dengan diet lunak dan metode pengunyahan, sementara gejala berat membutuhkan pembedahan.
GERD adalah suatu keadaan patologis dimana asam lambung mengalami refluks dan naik ke kerongkongan dalam jumlah dan frekuensi yang melebihi normal. Penderitanya mengalami rasa nyeri seperti terbakar (heartburn), kesulitan menelan makanan, mual, muntah dan rasa pahit di lidah. Terapi GERD meliputi obat-obatan dan menghindari makanan atau minuman yang bersifat meningkatkan sekresi asam.
Helycobacter Pylori adalah bakteri penyebab peradangan pada lambung dan usus. Infeksi ditularkan melalui kontak dengan makanan dan air yang tercemar, atau melalui orang ke orang. Ulserasi (luka) yang terjadi pada lambung atau usus akan menimbulkan rasa nyeri, kembung, mual dan memicu muntah. Selain terapi antibiotik, pasien juga diberikan obat-obatan untuk mengatur produksi asam lambung.
Masalah pada organ pencernaan akan mengganggu asupan nutrisi pada tubuh. Rendahnya konsumsi karbohidrat memaksa tubuh membakar lemak lebih banyak sebagai sumber energi. Akibatnya kandungan keton dalam darah meningkat dan menyebabkan bau tak sedap. Saat muntah terjadi aliran langsung dari isi perut yang sudah bercampur dengan asam lambung, enzim pencernaan, dan bakteri. Campuran ini menyebabkan bau busuk yang tertinggal dalam mulut terutama apabila tidak segera dilakukan pembersihan. Menurunnya produksi asam klorida dalam lambung juga menyebabkan proses pencernaan tidak berjalan baik dan memicu produksi gas yang berbau busuk.
